Sejarah Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (FK UI) tidak lepas dari sejarah pendidikan dokter di Indonesia yang dimulai sejak zaman penjajahan Belanda. Adapun momentum pendidikan kedokteran di Indonesia lahir pada tanggal 2 Januari 1849 melalui Keputusan Gubernemen No. 22. Ketetapan itu menjadi titik awal penyelenggaraan pendidikan kedokteran di Indonesia (Nederlandsch Indie), yang ketika itu dilaksanakan di Rumah Sakit Militer. Selang dua tahun, Dokter Djawa School hadir memenuhi kebutuhan tenaga dokter yang dimulai tahun 1851. Walaupun lulusan tersebut diberi gelar Dokter Djawa, sayangnya lulusan sekolah tersebut hanya dipekerjakan sebagai mantri cacar. Nyaris 10 tahun lamanya dokter-dokter Indonesia harus menunggu untuk memperoleh wewenang lebih dari sekadar mantri cacar.
Pada tahun 1864, lama pendidikan kedokteran diubah menjadi 3 tahun dan lulusan yang dihasilkan dapat menjadi dokter yang berdiri sendiri, meskipun masih di bawah pengawasan dokter Belanda. Sejarah kembali bergulir dan mencatat pertambahan waktu studi dokter Indonesia. Tahun 1875, lama pendidikan dokter menjadi 7 tahun termasuk pendidikan bahasa Belanda yang dijadikan sebagai bahasa pengantar. Lebih dari 20 tahun kemudian, 1898, barulah berdiri sekolah pendidikan kedokteran yang disebut STOVIA (School tot Opleiding van Indische Artsen). Para alumni ketika itu disebut Inlandsche Arts.
Lama pendidikan kembali bertambah menjadi 9 tahun pada tanggal 1 Maret 1902, sekaligus mengiringi berdirinya gedung baru sekolah kedokteran di Hospitaalweg (sekarang Jalan Dr. Abdul Rahman Saleh 26). Masa pendidikan 9 tahun tersebut dibagi menjadi 2 tahun perkenalan dan 7 tahun pendidikan kedokteran. Baru setahun berselang, sejarah kembali mencatat banyak hal. Waktu studi kedokteran kembali bertambah, kali ini menjadi 10 tahun, bersamaan dengan disempurnakannya organisasi STOVIA pada tahun 1913. Adapun 10 tahun masa studi ini terdiri dari 3 tahun perkenalan dan 7 tahun pendidikan kedokteran. Nama alumni juga berubah menjadi Indische Arts pada waktu itu. Masih pada tahun yang sama, dibuka sekolah kedokteran dengan nama NIAS (Nederlands Indische Artsenschool) di Surabaya.
Untuk memantapkan kualitas lulusan dalam hal praktik, pada akhir tahun 1919, didirikan Rumah Sakit Pusat CBZ (Centrale Burgerlijke Ziekenhuis, sekarang disebut RS Ciptomangukusumo/RSCM) yang dipakai sebagai rumah sakit pendidikan oleh siswa STOVIA.
Murid STOVIA sekitar tahun 1920-1933
Kampus dengan dominasi warna putih yang ada saat ini tercatat selesai dibangun pada tanggal 5 Juli 1920. Pada tanggal yang sama pula seluruh fasilitas pendidikan dipindahkan ke gedung pendidikan yang baru di Jalan Salemba 6 sekarang.
Asa kembali membuncah di kalangan intelek kedokteran di Indonesia ketika pendidikan dokter diresmikan menjadi pendidikan tinggi dengan nama Geneeskundige Hoogeschool (GHS) pada tanggal 9 Agustus 1927. Yang menarik, sampai periode 1927, syarat pendidikan agar dapat mengikuti pendidikan dokter hanya setingkat SD. Barulah setelah GHS berdiri, syarat pendidikan menjadi setingkat SMA (ketika itu disebut Algemene Middelbare School atau AMS dan Hogereburgerschool atau HBS).
Pada masa itu, STOVIA dan NIAS tetap ada namun periode pendidikan kembali menjadi 7 tahun dengan penghapusan masa perkenalan selama 3 tahun. Konsekuensinya, lulusan yang dapat diterima di kedua sekolah tersebut tidak boleh lebih rendah dari tingkat MULO (Meer Uitgebreid Lager Onderwijs) bagian B.
Manajemen pengelolaan FK UI terus berbenah dengan persiapan internasionalisasi FK UI menjadi sekolah kedokteran riset berkelas dunia. Hal ini ditandai dengan penutupan program diploma yang ada di FK UI dan perbaikan fasilitas di segala bidang. Perbaikan dimulai dari penyempurnaan kurikulum fakultas kedokteran (Kurfak 2012) dengan penekanan kepada interprofesional learning yaitu pola pembelajaran interprofesional antara fakultas-fakultas rumpun ilmu kesehatan.
Sejalan dengan itu, UI membangun gedung rumpun ilmu kesehatan sejak 2011. Pembangunan gedung rumpun ilmu kesehatan dimaksudkan untuk menyinergikan dan memperkuat kerumpunan ilmu-ilmu kesehatan yang ada di Universitas Indonesia. Selain itu, pendirian rumah sakit pendidikan Universitas Indonesia yang ada di lingkungan kampus UI Depok sebagai sarana praktikum mahasiswa rumpun ilmu kesehatan. Dengan ditandai selesainya pembangunan gedung Rumpun Ilmu Kesehatan pada 2013, perkuliahan mahasiswa program sarjana pendidikan dokter UI yang sebelumnya berada di Salemba, dipindahkan pada kampus UI Depok mulai angkatan (tahun masuk) 2013.
Untuk meningkatkan kualitas pendidikan kedokteran dan penelitian di Indonesia, FK UI membangun gedung Medical Education and Research Center (MERC) di area kampus UI Salemba. Pendirian gedung pusat pendidikan riset ini dimulai 5 Februari 2015 diharapkan mampu menyediakan sarana riset pendidikan kedokteran sekaligus fasilitas penelitian yang terdepan di Indonesia. Walaupun demikian, pembangunan gedung MERC FK UI ini tidak mengubah wajah kampus UI Salemba, FK UI tetap mempertahankan kekhasan bangunan gedung fakultas kedokteran yang sudah dikenal sejak lama.
Jejak langkah FK UI tidak berhenti sampai di sini. Dengan semangat yang sama seperti saat berdirinya dulu, semangat perjuangan kampus ini tak pernah padam untuk menggojlok, menata apik, serta mempercantik sistem pendidikan kedokteran demi mencetak dokter-dokter unggul kebanggaan bangsa. Karena bagi fakultas ini, kesehatan paripurna rakyat Indonesia akan terus diperjuangkan sampai kapan pun.