Sejak era perjuangan kemerdekaan sampai dengan era reformasi, banyak sekali pemberontakan yang telah terjadi di Indonesia baik kecil maupun besar. Pemberontakan cukup banyak terjadi di masa Revolusi Fisik yakni 1945 hingga 1949. Ada pemberontakan yang berlatar belakang isu kedaerahan. Ada juga yang bermotif politik. Berikut peristiwa pemberontakan yang pernah terjadi di Indonesia:
1. PKI Madiun 1948
Pemberontakan ini di pimpin oleh Musso Pengaruh PKI yang dimulai sejak masa pendudukan Jepang mulai melemah ditambah dengan kekecewaan yang dirasakan golongan PKI terkait Perjanjian Renville. PKI ingin kekuasaannya dikembalikan di bawah pemerintahan Amir Sjafruddin.
2. Pemberontakan Kartosuwiryo Jawa Barat 1948
Pemberontakan ini disebabkan karena Kartosuwiryo ingin mengamalkan al-qur’an dan mendirikan Negara Islam Indonesia. Kartosuwiryo menolak Perjanjian Renville, karena dianggap akan mempersempit wilayah kedaulatan Republik Indonesia.
3. Pemberontakan DI/TII
Pemberontakan DI/TII terjadi beberapa daerah di Indonesia, yaitu : Jawa Barat, Jawa Tengah, Aceh, Kalimantan Selatan, dan Sulawesi Selatan 1949-1962. Beberapa pemberontakan DI/TII disebabkan karena hal yang berbeda di setiap daerahnya, seperti :
1. Jawa Barat : Pimpinan Kartosuwiryo
Pemberontakan DI/TII di Jawa Barat disebabkan karena Kartowsuwiryo merasa tidak puas dengan kemerdekaan Republik Indonesia dan ingin membentuk Negara Islam di Indonesia
2. Aceh : Pimpinan Daud Beureuh
Pemberontakan DI/TII di Aceh disebabkan karena Kekecewaan para tokoh pimpinan masyarakat di Aceh atas leburnya Provinsi Aceh dalam Provinsi Sumatera Utara.
3. Jawa Tengah : Pimpinan Amir Fatah dan Kyai Sumolangu
Pemberontakan DI/TII di Jawa Tengah disebabkan karena Munculnya ketidaksetujuan dengan Perjanjian Renville
4. Kalimantan Selatan : Pimpinan Ibnu Hadjar
Pemberontakan DI/TII di Kalimantan Selatan disebabkan karena Kekecewaan pasukan tentara yang harus mendapatkan posisi yang tidak sesuai dengan keinginan mereka.
5. Sulawesi Selatan : Pimpinan Kahar Muzakar
Pemberontakan DI/TII di Sulawesi Selatan disebabkan karena Kekecawaan Kahar Muzakar karena banyak anggota KGSS yang tidak diterima menjadi Angkatan Perang Republik Indonesia Serikt (APRIS)
4. APRA
Pemberontakan APRA terjadi di Bandung pada 23 Januari 1950. Hal tersebut terjadi disebabkan karena mantan Kapten KNIL Raymond Westerling Adanya friksi dalam tubuh Angkatan Perang Republik Indonesia Serikat (APRIS)
5. Andi Azis
Pertempuran Andi Azis terjadi di Makassar pada tahun 1950. Andi Azis ingin mempertahankan Negara Indonesia Timur. Serta Andi Azis ingin menentang campur tangan APRIS yang ada di Sulawesi Selatan.
6. Republik Maluku Selatan (RMS)
Pemberontakan Republik Maluku Selatan (RMS) Maluku terjadi di Ambon pada tahun 1950. Pemberontakan tersebut dipimpin oleh Mr. Dr. Cristian Robert Steren Soumokil yang ingin memisahkan diri dari wilayah NKRI Banyak bekas prajurit KNIL (Tentara Kolonial Hindia Belanda) asal Maluku yang kecewa atas pengakuan kemerdekaan Belanda kepada Indonesia Bekas prajurit KNIL menolak bergabung dengan APRIS. Kekecewaan Chris Soumokil akibat bubarnya Negara Indonesia Timur (NIT)
7. PRRI dan Permesta
Pemberontakan yang terjadi di Sumatera pada tahun 1950 ini dipimpin oleh beberapa tokoh, yaitu :
- Letnan Kolonel Ahmad Husein
- Mr. Sjafruddin Prawiranegara
- Mr. Assaat Dt. Mudo
- Maluddin Simbolon
- Prof. Dr. Soemitro Djojohadikusumo
- Moh. Sjafei
- J.F. Warous
- Saladin Sarumpaet
- Muchtar Lintang
- Saleh Lahade
Kekecewaan para perwira di daerah atas kebijakan pemerintah pusat, yaitu sentralisasi. Ada rasa kebencian terhadap kelompok suku Jawa, yang menjadi suku dengan jumlah terbanyak dan berpengaruh dalam negara kesatuan Indonesia yang baru terbentuk
8. Batalyon 426
Batalyon 426 terjadi di Kudus pada tahun 1950. Pemberontakan ini dipimpin oleh Mayor HM Basuno Menjadi pasukan penting DI/TII. Serta tertembaknya HM Basuno oleh anak buahnya sendiri
9. Angkatan Umat Islam (AUI)
Pertempuran yang terjadi di Kebumen pada tahun 1950 ini dipimpin oleh Kiao Somalangu. AUI terjadi karena terbentuknya Republik Indonesia Serikat (RIS) AUI menembaki pasukan Angkatan Perang Republik Indonesia Serikat (APRIS) yang berjaga di utara Stasiun Kebumen.
10. G30S
G30S terjadi di Jakarta dan Yogyakarta pada tahun 1965. Dipimpin oleh Resimen Tjakrabirawa/DN Aidit. Pemberontakan ini terjadi karena beberapa sebab, antara lain : Konflik Internal TNI Angkatan Darat, isu adanya Dewan Jenderal di tubuh TNI yang ingin menggulingkan Soekarno, dan Amerika Serikat tidak menyukai dengan kedekatan Soekarno dengan negara komunis
11. Organisasi Papua Merdeka (OPM)
Pemberontakan yang terjadi pada tahun 1965 ini dipimpin oleh Sersan Mayor Permanes Ferry Awom. Pemberontakan ini dipicu oleh beberapa permasalahan antara lain : Kemerdekaan Papua dihadang oleh Perjanjian New York, ingin melepaskan diri dari NKRI, adanya ketidakpuasan, kekecewaan, serta tumbuhnya kesadaran nasionalisme Papua Barat, serta terdapat perbedaan pandangan antara Indonesia-Belanda di KMB.
12. Gerakan Aceh Merdeka
Gerakan Aceh Merdeka terjadi pada tahun 1976 dipimpin oleh Hasan di Tiro. Perbedaan penerapan budaya dan agama Islam antara Aceh dan daerah lain di Indonesia. Kebijakan sekuler dalam Orde Baru tidak populer di Aceh, banyak tokoh yang membenci kebijakan tersebut. Lokasi Provinsi Aceh di ujung Barat Indonesia menimbulkan sentimen yang meluas di Provinsi Aceh.